Krzysztof Bąkowski pierwsze piłkarskie kroki stawiał w Sucharach Suchy Las, a następnie przez dwa lata występował w grupach młodzieżowych Warty Poznań. Jako 10-latek przeniósł się do Lecha Poznań i to w tym klubie przeszedł kolejne szczeble.
W pierwszym zespole "Kolejorza" debiutu jeszcze nie zaliczył, ale w sezonie 2020/2021 występował w 2-ligowych rezerwach, których barw strzegł w 31 meczach ligowych oraz 2 pucharowych.
Rundę jesienną poprzedniego sezonu spędził na wypożyczeniu do Stomilu Olsztyn i na boiskach Fortuna 1 Ligi zanotował 15 meczów o ligowe punkty, a do tego wystąpił w 1 spotkaniu pucharowym.
Po powrocie do Lecha ponownie grał dla drugiej drużyny i w ostatniej rundzie zaliczył 13 występów w eWinner 2 Lidze. Teraz na zasadzie półtorarocznego wypożyczenia trafił do Stali Rzeszów.