Jonathan Junior opuścił Brazylię w 2023 roku i trafił do Polski, która była jego pierwszym zagranicznym krajem. Skrzydłowy przez prawie dwa sezony występował w barwach Kotwicy Kołobrzeg, z którą awansował do 1. ligi. Zimą 2025 roku trafił do Radomiaka Radom.
Stamtąd jednak zaledwie po miesiącu został wypożyczony do Stali Stalowa Wola. Ostatecznie latem 2025 roku przeniósł się do Stali Rzeszów, w której występował w poprzednim sezonie. Zagrał dla tego klubu łącznie 38 meczów i strzelił 13 goli. Łącznie w rozgrywkach Betclic 1. ligi wystąpił w 61 spotkaniach, strzelił 16 goli zanotował 5 asyst. W Betclic 2. lidze zagrał 30 pojedynków, zdobył 23 gole i 2 asysty.
Klub z Rzeszowa przekazał, że jest to najwyższy transfer gotówkowy w historii klubu. Jonathan będzie grał teraz w japońskim V-Varen Nagasaki.
"Ten ruch to dowód na to, że nasz klub się rozwija, a jego wartość zyskuje na znaczeniu, zarówno na polskiej, jak i międzynarodowej arenie. To sukces nas wszystkich – całej biało-niebieskiej społeczności" – powiedział Sebastian Krzepota, dyrektor zarządzający Stali Rzeszów.
Według informacji mediów ostatnia oferta wysłana przez japoński klub wynosiła 250 tys. euro oraz 15 procent od kolejnego transferu zawodnika.