Po debiutanckim sezonie w Bayernie Monachium, w którym zaliczył 25 oficjalnych występów, João Palhinha wraca do Anglii, gdzie wcześniej wyróżniał się podczas swoich dwóch sezonów w Fulham.
Portugalski pomocnik dołącza do Tottenhamu na zasadzie wypożyczenia, a londyński klub posiada opcję jego wykupu po zakończeniu nadchodzącego sezonu.
João Palhinha rozpoczął swoją karierę w Sacavenense, a następnie dołączył do Sportingu jako junior w 2012 roku. W wieku 18 lat zadebiutował w drużynie B, a w styczniu 2017 roku w pierwszej drużynie. W ciągu pierwszych kilku lat zdobywał również doświadczenie na wypożyczeniach w Moreirense, Belenenses i SC Braga. W tym ostatnim odegrał kluczową rolę w zdobyciu Pucharu Ligi 2019/20 z Rubenem Amorimem na czele.
Wracając do Sportingu w 2020 roku, pomógł lwom wygrać ligę 2020/21 - pierwszy tytuł klubu od 19 lat - i został nominowany do Drużyny Roku. Podczas swojego pobytu w Sportingu João Palhinha pomógł również klubowi zdobyć dwa tytuły Pucharu Ligi i Superpuchar.
W 2022 roku João Palhinha udał się do Premier League, dołączając do Fulham. Szybko stał się jednym z najbardziej dominujących defensywnych pomocników w lidze i po swojej pierwszej kampanii został uznany Graczem Sezonu Fulham. W ciągu dwóch sezonów na Craven Cottage zaliczył 79 występów dla klubu z zachodniego Londynu, strzelił osiem goli i wykonał więcej przechwytów niż jakikolwiek inny zawodnik w Premier League.
Jego konsekwentne występy na wysokim poziomie dla Fulham przyniosły mu przeprowadzkę do Bayernu Monachium w lipcu 2024 roku, gdzie był częścią drużyny, która zdobyła tytuł Bundesligi w zeszłym sezonie.
Na poziomie międzynarodowym zadebiutował w seniorskiej reprezentacji Portugalii w 2021 roku i od tego czasu zaliczył 34 występy międzynarodowe dla swojego kraju, biorąc udział w Mistrzostwach Europy 2020 i 2024, a także w Mistrzostwach Świata 2022. Był także częścią portugalskiej drużyny, która wygrała Ligę Narodów w czerwcu.